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各位虫友好。氧化物熔体模拟中,多面体连接的快照可以用vmd做到吗?文献中只说用lammps计算,并没有说采用哪个软件显示的。1.png
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假设我有一根固定住的碳纳米管,我初始温度为0K,达到稳定后,记为状态1,然后我升温到2000K,达到稳定后,记为状态2.我想问一下,如果我再回到0K,此时碳纳米管的状态是同状态1,一样吗,还是新的状态3。
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有用过Tip4p/ice模拟过水的吗?H-O-H角的k值是多少?O-H键的k值是多少?查了官网,没有这两个参数;参考文献也没有。百度了别人做的例子,三个人三个参数。谁能给个确切的值?1.PNG2.PNG3.PNG4.PNG
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运行dynamics,限制了部分粒子,没法用npt,不理解;想在限制部分的情况下用npt,有办法解决吗;急求
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请问一下,在这条命令中,5.741表示什么pair_stylehybrideammorse5.741tersoff
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各位大神,前期已经发贴咨询过大家关于lammps中自带的弹性常数求解的例子文件修改成BCC-Fe的问题,经过修改例子文件中Si的参数为BCC-Fe能够运行in文件,但是有一个疑问想再次咨询咨询大家。原文件中输出的弹性常数有21个,对于Si而言是可行的,但是对于...
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如题,MS6.0里面两个原子之间的键长距离如何实现精确控制?我用Alt+shift+鼠标右键实现了原子之间的移动,但是其距离不知道如何做到精确控制,每次离我的目标距离不是大就是小,看到别人的帖子说键长距离可以调,但是我的键长双击后为只读模式,不可修改.请教各位...
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我想用EMD算二氧化碳的热导率,力场用的刚性TraPPE力场,用fixrigid命令对它就行刚性约束,然后算出来的热导率比正常的大好几个数量级;相同的in文件,只是把rigid刚性约束去了,把键的力常数设为一个比较大的数,这个时候就相对正常了,各位有遇到这种情...
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如图,请各位帮个忙。如何能够实现import可用?TIM图片20180813134157.png
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lammps中neighborlist值与Morse势函数中的cutoff值有什么联系吗?
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我对若干个已知结构的小分子做与已知配体的对接打分,希望得到docking的打分数据。但是碰到了一点问题。具体描述如下:1:我先依次在chembiodraw画出了分子结构,再在chembiodraw3D中打开,然后保存为sdf格式。之后用Sybyl-X2.0打开...
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小白一只,测试结果如图,我试了几个命令,有不能使用的。
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新接触分子对接qsar建模等,现在ds,moe都还没碰过。不知道更推荐哪个研究软件
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怎么产生一些随机无序的点,这也是老师给我的任务,可是对无序没有任何办法,请大家帮帮忙
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*************************正式版已经发布啦~链接:'http://muchong.com/t-12572415-1'***************...
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sybyl能在笔记本电脑上运行吗
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我在做一种橡胶的氧化过程,想得到氧分子在橡胶分子链团中的扩散率和消耗速率。现在已经在AC盒子中构建出橡胶分子的交联结构,如图(灰色为交联键)接下来的步骤不知道怎么办,麻烦各位老师指导一下,或推荐几篇相关文献,先谢谢了!不好意思~~我的金币之前求助用完了问题一:...
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配体总是出现问题,求帮忙,有偿解决qq503754407,谢谢各位大神了
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各位专家:我们这边想找几位MaterialsStudio,VASP,LAMMPS和Gaussion软件方面的专家不知道谁有兴趣,会支付专家费用。有兴趣的话可以推荐给我,有需要详细了解的话可以加我QQ:3010918849。
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如题,常用力场AMBER、CHARMM、GROMOS、OPLS似乎都包含于付费软件中。请问有没有免费软件可以使用,请不吝赐教,谢谢!
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不知道MS能否算硅的氧化,现在急需要算我看有人是用lammps算的
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按道理来说,温度越高,自由体积越小,弹性模量越大的啊,计算出的结果总是随着温度忽高忽低,是不是误差太大的原因,还是MS用来考察温度对材料特性的变化不太适用呢?MD平衡如下:先退火处理,然后NVT20ps,NVE20ps,求各位师兄帮忙出出主意。感激!
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请问下大佬们,lammps做剪切模拟时,应该怎么定义应力应变呢?谢谢
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想做一个聚丙烯酰胺在硝酸钾晶体表面的吸附,之前没有基础,新手,想请教各位大神有没有相似的教程可以指点一下,越详细越好的那种
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本人新手,想学习一下有关于树脂聚合或修饰方面的Ms模拟的课题,请问国内外在这方面有哪个课题组或大神做得好啊?能否推荐几篇入门文献啊多谢了!
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请问一下各位大神,我在lammps里面想使用morse势函数,例如bond_stylemorsebond_coeff51.02.01.2我的输入文件是从MS导出的pdb文件,然后用VMD转化成的data文件,可是发现里面不含键的信息,请问一下data文件怎么样...
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因为计算需要,课题组打算购置一台价格在3万左右的高性能计算机,请问有人对最近比较好的计算机有了解吗,有的话请推荐一下,谢谢啦
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版本2.1.1,感觉字体不加粗就看不清楚20180903101852.jpg
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请教各位大神,autodockvina的结果导入pymol以后我的硬脂酸(绿色部分)怎么会出现两条平行连接的线呢?奇怪的是呢,导入autodock以后又变成外围大分子出现各种连接线了?是处理什么东西的时候没弄好吗?跪谢!微信图片_20180903111812....
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Morphology模块采用Growthmorphology方法的话,如何根据每个晶面的接触能得到具体的形貌?自带help教程里写晶面的接触能与晶面的生长速率成正比,根据接触能可以得到生长速率和晶体中心到每个晶面的距离,然后根据Wullf图可以推导出形貌,我想...
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