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先给各位大佬拜个早年,,,我在运行IN文件逐步排除问题时有这样一个错误ERROR:Pressurecontrolmustbeusedwithfixnpt(../fix_npt.cpp:30)Lastcommand:fixequilibrationbulknpt...
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各位,在NPT系综下可以通过设置与拉伸方向垂直的两个方向应力为0,从而实现单轴拉压,比如通过fix1allnpttemp3003000.1y001z001drag1和fix2alldeform1x0.001unitsboxremapx就可以实现单轴拉伸,但是在...
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老板要我用MonteCarlo来搜索可能的吸附结构,在网上找了一圈只找到了MSAdsorptionLocator,但是一没有这个软件,二也不适合我,因为我有100多个分子,用AdsorptionLocator的图形界面来做太耗时耗力了。哪位大牛可以推荐给我其它...
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在生成复合物的pdf文件时,两个配体的坐标全部变成了0我是在一个网站http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/namd_tutorial.html上生成的两个小分子配体的top文件,连同namd教程里面的蛋白top文件,一共三个...
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建了一个乙腈溶液的模型:————————PBCbox像这样|vaccum||solution||vaccum|现在用纯乙腈测试,发现在charmm中做NPAT时溶液层比较稳定,真空层却不是持续增长就是减小到消失。NAMD也差不多所以怀疑是压力控制的问题用NAM...
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现在在做的是W-Cu界面原子扩散的分子动力学研究(MS建模,lammps模拟),网上找不到可用的势函数文件,只找到几篇文献(如下),文献中说是采用EAM多体势,只给出了拟合的参数,请问各位大佬:1.是否有W-Cu相关势函数文件(因文献太早2004年的,找不到原...
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lammps安装到最后一步出现的问题
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有小伙伴有适用于32位电脑的三维分子模拟软件chimera吗?有的话分享给我一下,谢谢各位
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作为一个新虫,金币只有这么多,希望遇到好心人。请问大神们,MS中分子动力学模拟怎么计算油水界面张力?毕业设计要做这个,急求!
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最近在用2017版软件,用惯了6.0,没有独立的DPD模块好不适应,哪位大神可以提供一些关于Mesocite模块的高级教程?谢谢。
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各位老师请教一下关于使用VMD计算径向分布函数的问题。我的体系是一个褐煤大分子周围有几个水分子。我想计算一下褐煤大分子中的羧基和水分子之间的径向分布函数。其中盒子的大小我也设置好了,计算的设置如图所示。23是羧基中的O原子,selection2里的是水分子的H...
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请教大家一个问题:采用Gromacs模拟甲烷水合物的形成,首先进行能量最小化(能量最小化之后,结构未发生明显变化),接着进行NVT和NPT过程各30ps(此过程之后水分子和甲烷分子随机分布),最后进行20ns的NPT过程。其中水分子采用的是SPC模型,甲烷采用...
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求助!lammps安装好使用里面的例子micelle进行试运行,生成log文件,请问如何让它在Vmd下可视化,看了百度的一些介绍,基础差,感觉理解困难,求详细一些的方法。拜谢各位了!!!
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如题,如下图不知道怎么解决。
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各位虫友们,我再用mgltools分析vina结果,showinteraction的时候会出现这个问题,请问该怎么解决呢?比较急非常感谢D1D51146D224255C75B9F8B3F2D8C7EE.png
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毕业论文做的是离子液体[emim][pf6]的红外光谱。用dlpoly对512个离子对的系统做动力学模拟,每0.002ps记录系统所有原子的速度,模拟时长2.002ps,一共得到1001组数据。现在问题是,把数据放到matlab上计算速度自相关函数出来的结果不...
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问题1这种快速画出类似的这种球棍平面图,不要求具体,只要告诉我软件及其大致的过程就行,我电脑有gaussview,以及chem3d,我也尝试了,画出来结构是立体的,不是平面的,MS也刚刚装上了问题了,这个分子的长度3.8nm是怎么计算出来的,或者是计算的依据、...
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Discoverystudio2.5去年安装了discoverystudio2.5,当时还能用最近打开,不显示protocol了,下面servicenone,双击显示下图,重新装了也不行,怎么办QQ图片20180425111326.png
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segmentationfault
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有没有人做过气体在mof中的动力学扩散系数?
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在用moe查看分子对接结果时,发现只能看到第一个对接的结果,如何看到更多结果??而且在看LigandInteractions下面的说明看不懂,谁能给我解释一下??不明白虚线代表什么意思,什么时候会有氢键???谢谢了!
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文章主要是纳米磨削,工件有固定层、恒温层和牛顿层。投稿后编辑回复说:模型中恒温层不合理。原话是这样“Thedominatingelectroniccontributiontotheheatconductivityisnotreproducedinclassic...
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目前有人告诉了两种方法:1、吸附后构型能量E1。将吸附后构型分别删去上层吸附的水层和下层晶面,不优化直接再进行能量计算,分别得到晶面和水的能量E2、E3,吸附能即E1-E2-E32、吸附后构型能量E1。吸附前晶面能量E4,单个水分子的能量E5,吸附能为E1-E...
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比如一个晶体原来的能量是E1,其中两个硫被两个碳取代,这个过程的能量变化的计算需要知道两个碳和两个硫的能量。如何计算他俩的能量呢,有老师说在晶格中分别画碳原子和硫原子,优化后计算能量,感觉不严谨,创腾工程师说碳原子能量一般用石墨的,为什么用石墨的,碳组成的物质...
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请问,有没有可以提供计算服务的,有偿。有的化请跟贴
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求助,安装lammps时出现下面问题,该如何解决
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源代码:#LAMMPSMelt_Cu_Tempunitsmetaldimension3boundarypppatom_styleatomicvariablexindex10500100018002000print"------------------...
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有哪位大神知道这张图的分子动力学分析是用哪个软件做的吗?谢谢!!!360截图16450703146121.jpg
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请问各位前辈,聚合物的分子模拟,在哪个网站里发表的比较多,可以下载学习一下埃普通的文献里模拟过程讲的毕竟粗糙,模拟过程不是很细,是不是我没有找到好的文献啊想通过一篇文章来学习分子模拟望各位指点
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DS2.5软件对复合物体系进行分子模拟研究过程中,根据软件操作流程操作老是显示error,请问是什么原因呀,自己琢磨好久了也没有搞明白,希望大神告知一下。急急急!!!!!
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