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lammps模拟学习新手,如果可以的话希望大家可以分享一个水合物的分子动力学模拟in文件给我噢。谢谢各位啦
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我想建一个如图1所示的圆柱镁单晶纳米线模型,用的命令是:unitsmetalboundarysspatom_styleatomicregionmyboxcylinderz0015050latticehcp3.209create_box1myboxcreate_...
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请问lammps原子类型的选择有什么依据吗?什么请对应什么类型,有没有依据?谢谢!!
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小弟新手一枚,就是我查到一些软件可以做多糖构象的模拟,GROMOS,MaterialsExplorer,DS,HyperChem,Amber,Gromacs可以模拟出多糖的构象来,力场也有多种选择,Amber,Gromacs,CHARMm22,OPLS,MM3...
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请问MS虫子高手,如何从MS软件里导出非键力场参数数据?例如水分子的O与H原子
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刚刚发了一个关于amber仿真步骤的长贴,都是俺心血的总结,虽然在baidu上能搜到不少,但或多或少都有些问题和小瑕疵,不如直接采用amber公司的教程,stepbystep,一定可以成功。'http://muchong.com/t-12879135-1'但是...
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我想用SW势函数计算WS2的热导率,但是用的势函数文献中的方程和手册中的方程不太一样,如图,请问这种情况下可以直接用吗~还是需要修改呢?如果需要修改要怎么改呢?论文中所用方程形式lammps手册中用的形式
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各位好,我是lammps小白一枚,请问一下,我在windows下运行lammps的例子文件deposite的时候,命令行下输入lam_serial-inin.deposite.atom,运算结果是正常的,但是我想看看模拟发生了什么,我就打开in文件,去掉了所有...
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想用lammps做粗粒度,建模应该用什么,试过MS来建模,但是MS建的粗粒度模型无法导出来data文件,因为已经没有原子信息了,现在想问一下有没有其他的方法来建模,有经验的大哥们希望可以指导一下,我的qq347498480,感谢
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在安装并行的GULP5.1的时候,出现了/usr/bin/ld:cannotfind-lscalapack的错误。请问怎么解决?(scalapack已经安装)
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各位大神,用lammps建立了水分子模型,模型竟然有三个键,请教大神该怎么处理,十分感谢水分子.PNG
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请问我用的Pair_stylebuck/coul/long建模是直接在in文件里完成的,模型比较简单。运行错误显示为systemwithnocharge.这个该怎么给模型输入电荷呢?
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市面上的nh3DFB怎么都用图标记的那个点~而不用旁边的那个吸收强的????也可以满足排除背景气体
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各位大神,用MS怎么建立大尺寸的氧化石墨烯模型啊,怎么随机分配羟基和环氧基啊,本人菜鸟一个
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如题,ms已经计算到74步了,但收敛值越来越大,请问是不收敛吗?谢谢jobname:LiMnO2typeofcalculation:geometryoptimizationplanewavebasissetcut-off:340.0000evusingfunc...
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在box中设置了一个区域,现在想实现这个区域沿x轴的运动。使用variable命令,但是区域没发生移动
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南方科技大学化学系王阳刚副教授领导的理论与计算催化研究组,主要从事催化化学的理论研究,在应用第一性原理理论计算、从头算分子动力学模拟、化学微观动力学分析、平衡态/非平衡态统计力学、分子光谱模拟以及大数据机器学习等当代先进的理论物理/化学方法,对与能源、环境相关...
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想模拟一个化合物是否能进入金黄色葡萄球菌的脂质双分子膜中,是否有什么简易操作的软件可以做?
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如果想让一个蛋白的cartoon中显示静电势分布,而不是surface上显示,即在二级结构的基础上显示静电势,想直观的看到哪个Helix带正电,或者哪个sheet带负电等等,有软件可以做到吗?
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急!急!急!我想画一个等密度表面的图我是用matlab画的图一,但是想要类似图二的效果三维的等密度表面映射成二维的效果大概是这个意思其他软件也好matlab估计很难把三维变成二维效果所谓的等密度表面就类似于山的等高线图一样。请虫友们熟悉映射投影或者相关画图的朋...
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现在有点搞不清楚了,有些人说csc不需要雅思托福,只需要语言证明就可以了,有些说有的国外学校需要雅思成绩
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去官网下载了lammpswindows版的安装然后尝试打开自带的算例发现无法打开求助谢谢各位虫友
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请问利用pipelinepilot如何将二维结构的分子转换成三维结构的呢?自己采用SDreader——standardizemolecule——3dcoordinates——minimizemolecule——sdwriter这个流程进行转换但并不成功
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求助各位大师,本人在操作AutoDock的时候,最后查看对接结果的时候,出现错误了,(如图),然后查看对接结果的时候找不到文件,困扰多日,求助大家帮助。
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各位谁对二元内部建模有研究吗
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求溶解度参数可以用哪些模块来做??求教
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各位大佬,我想问一下在materialstudio中建好分子模型后,调用GaussianTools进行结构优化时出现失败是怎么回事?
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请问各位小伙伴:lammps或者moleculardynamic能建立分别建立微米金刚石涂层和纳米金刚石涂层吗?如果可以的话,建立这两种不同的模型应该从哪些方面进行区分呢?谢谢大家!!!
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做参数的重复性验证,与原配体的rmsd要小于2埃,才证明重复性较好。vina输出结果每一个构象都有一个rmsd,对于小于2埃,是所有构象的平均值,还是最小一个小于2埃,或者还是所有构象要小于2埃。
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acdsee哪个版本好用?
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