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Blends模块计算三种物质在二甲基亚砜中的溶解性,在计算前已经进行化学结构优化和能量优化。求问结果表C1C2C3的三条线怎么看才算是相似的分布?C1中绿色线和蓝色红色不太一样,但是Emix最接近于0,请问Emix值正负有什么意义呢?看的是绝对值而已么?
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我想使用VMD计算原子的数密度(numberdensity),请问该如何实现呢?我百度到需要下载一个第三方插件DensityProfileTool,哪位虫友有安装包可以分享一下吗,谢谢大家
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求助MoSe2/WSe2以及WSe2/WSe2层间相互作用时的的lj参数~文献中mos2和ws2其他类似的都是说从UFF中找到~但是我貌似不会用uff找……想用lammps计算双分子层~希望有了解的大神指点一下小白⊙▽⊙
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我算石墨烯纳米带的热道率,一旦加入热量之后模型就会碎掉,是哪里出问题了呢?下面是我的in文件unitsrealatom_styleatomicboundarypppread_datadatapair_styleairebo3.011pair_coeff**/h...
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在做了10000ps的几何优化后,模拟NVT,总是出现这个错误,求大神帮帮忙,谢谢啦!Forcite-------Task:DynamicsVersion:8.0Builddate:Dec52014Host:localhost.localdomainThrea...
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使用Reaxff模拟时,如何确保平衡和升温过程不发生化学反应?我从文献中看到说:固定原子的连接性表。不知道这句话是什么意思,怎么操作。QQ截图20190410125730.jpg
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请各位帮忙看看,MS中选完力场以后做calculate,就跳出了“服务器正在运行中”这个框(图片如下),换了几台电脑都是这样,请各位帮忙解答一下,谢谢。
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毕设做小分子在高聚物中的扩散,由于刚开始接触MS,想问下面几个问题。1.分别构建出小分子和高聚物后,要分别进行几何优化吗,还是等建了盒子都放进去后对整体进行优化,还是两者都需要。2.关于几何优化,Dmol3和forcite中都看到有几何优化,我应该用哪个呢,它...
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请教大家,在windows下并行安装lammps一直出错,尝试了各种方法都无法成功,有遇到类似问题的或者知道错误原因希望大家指教指教。7P0UOSOD08(FH6HN~1F`}T8.png
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AdsorptionLocator可以直接得到能量最低的吸附位置,并给出能量值,但是我用同样的构型用DMOL3计算单点能量进行处理,两者的吸附能存在差异,该如何理解呢?
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想咨询一下大家,为什么我做出来的g(r)曲线是很尖锐的峰,而不像文献中的那样呢?想知道的虫友来帮帮忙辣无标题.png
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用autodock对接完了,然后开始分析dlg文件里面的结果,当点到蛋白质分子和小分子配体相互作用结果那一项时出现了以下情况,试了几个对接的结果都是这样,怎么办,什么原因...
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请问我现在有一个全原子的结构(带三个C=O的苯环),怎么得到它的粗粒化结构呢?十分感谢您的回答!
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存在问题1.切削力输出为0,求正确的输出方式(命令)2.nvt系综出现下列情况原因,是命令之间的冲突或者是命令用的不规范或者是其他。。。in文件如下#cuttingmonocrystal--fe#------------------------INITIALI...
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iHuman研究所赵素文研究组致力于开发和应用计算方法来理解蛋白质序列-结构-功能之间的关系。主要研究体系有酶和膜蛋白(GPCRs,Transporters,Channels)。在Nature,Cell,NatureCommunications,eLife等期...
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按照fluka官网的安装步骤'http://www.fluka.org/fluka.php?id=ins_run&mm2=3',进行到第4步的时候,使用make,会弹出:Command\'make\'notfound,butcanbeinstalled...
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刚入门分子模拟,老板叫做一个p450酶的三维结构,用modeling得到的三维结构没有含血红素,看文献都是后期加进去的,后来我把坐标直接粘贴过去,但是和蛋白质中的原子坐标重叠了,求各位赐教,
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我在materialstudio里建立了一个晶格,晶格里放了五个水分子,在modules的discover里的setup里面选择了cvff力场,运行完以后导出了car格式(文件名是h2o.car)的文件和mdf格式的文件,然后到lammps里,我把两个格式的文...
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各位大神,有谁知道怎么模拟计算晶体的结构熵?具体用哪个软件?怎么计算?
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各位论坛的大牛们,你们好!最近在学autodock4,按着网上的详细教程能够较为顺利的学了一遍autodock4,但是也遇到一些棘手的问题,还望大家给与解答。虽然按着教程来了一遍,但是都不知道为什么要进行这一些操作,同时后来我拿我研究的蛋白结构(PDB下载的)...
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请问如何用ChemBio3DUltra计算分子偶极矩??
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最近买了一个工作站,主要用来运行vaspms,分子结构,分子动力学,催化剂结构等分析,100个原子以内。请各位帮忙看看工作站配置是否合理,是否够用配置:联想p720工作站2个志强银牌4116共24核内存12个16gddr4全缓冲2t机械硬盘2个512gssdp...
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linux版链接:'https://pan.baidu.com/s/16xrdtv-EKjE8A08k0nBIUA'提取码:5769
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博士课题要做分子动力学模拟,刚接触MS软件,没接触过perl语言,做的高分子化学与物理方向,急需环氧树脂交联脚本,测试可用后,定重谢。
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利用MS模拟Ni催化甲醇解离过程
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舒服了,第三篇,可以毕业了
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普通用户,70和80,各种库装好,hostname也改了,安装过程大多默认。出现这个问题,有大佬知道什么原因吗?
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MS输出图片格式为bmp时,右边的legend只显示了一部分,救助大神该如何解决
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如何在轨迹文件中截取需要的几桢,还有MSD意义何在?还有RSD意义何在?本人初入行,实在不懂,望赐教
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本人初入行,对于自由能的计算时,选中溶质分子时能根据原子电荷数来选吗?
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